Platz	Klub	Spiele	Tore	Punkte
01.	1. FC Union Berlin	38	59:23	78
02.	Fortuna Düsseldorf	38	54:33	69
03.	SC Paderborn 07	38	68:38	68
04.	SpVgg Unterhaching	38	57:46	67
05.	Bayern München II	38	54:38	59
06.	Kickers Emden*	38	45:44	59
07.	Kickers Offenbach	38	40:35	52
08.	SV Sandhausen	38	58:52	50
09.	Dynamo Dresden	38	46:46	50
10.	Rot-Weiß Erfurt	38	46:48	50
11.	VfB Stuttgart II	38	61:50	49
12.	Erzgebirge Aue	38	43:43	48
13.	Eintracht Braunschweig	38	46:51	45
14.	Wuppertaler SV	38	36:45	45
15.	Jahn Regensburg	38	37:51	45
16.	FC Carl Zeiss Jena	38	41:59	41
17.	Werder Bremen II	38	49:58	40
18.	Wacker Burghausen	38	40:65	40
19.	VfR Aalen	38	38:60	39
20.	Stuttgarter Kickers	38	38:71	29

# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen.
# Kickers Emden spielt in der nächsten Saison in der Oberliga Niedersachsen West
Relegation um Aufstieg: SC Paderborn 07 - VfL Osnabrück 1:0 / VfL Osnabrück - SC Paderborn 07 0:1; SC Paderborn 07 steigt damit in die 2. Liga auf
Absteiger aus der 2. Bundesliga: VfL Osnabrück, FC Ingolstadt 04, SV Wehen Wiesbaden
Aufsteiger aus der Regionalliga: 1. FC Heidenheim 1846, Borussia Dortmund II, Holstein Kiel